辣椒巴氏杀菌机的杀菌分为两种的模式，主要是取决于保证的关系，袋装的包装多采用水浴式杀菌的方式，瓶装的辣椒酱多采用喷淋水的方式。这是由包装的特性决定的。袋装的杀菌采用的耐高温的高温袋进行包装的，在杀菌的过程中会使包装袋*的浸没在杀菌的池水中的，浸没式的杀菌可以充分的对包装袋进行包裹杀菌用水，在一定的时间下进行了杀菌温度的穿透，起到了*杀菌的目的。
专用瓶装辣椒酱巴氏杀菌机瓶装的辣椒酱的杀菌包装的玻璃瓶同样要考虑到耐高温的目的，杀菌分为喷淋式的逐渐升温的模式，在杀菌的时候温度是逐步网上升的。保护了玻璃瓶装的稳定性和安全性。
杀菌会分为多段的方式，第一段的温度会比较的低，使玻璃瓶来适应杀菌的温度的上升，第二段的温度会再进一步的上升来提高玻璃瓶对设定杀菌温度的耐受程度。进入到杀菌段进行一定时间的喷淋杀菌处理，杀菌完毕后再输送到逐步降温段进行阶段性的降温，在到后一段温度降低，使玻璃瓶逐渐达到常温状态。
喷淋式巴氏杀菌机的适用范围：辣椒酱巴氏杀菌机、番茄酱巴氏杀菌机、豆瓣酱巴氏杀菌机、甜面酱巴氏杀菌机、火锅底料巴氏杀菌机、酱料包巴氏杀菌机、果汁巴氏杀菌、酸奶巴氏杀菌机等使用。
