能否对焊烟净化器的滤筒进行及时灰尘清理是直接决定焊烟除尘器正常运转的的关键要素。
之所以滤筒需要清灰，是因为粉尘具有黏性，在被滤筒的过滤孔拦截时，大颗粒的粉尘在重力作用下向下掉落，而极微小的部分灰尘会附着在滤筒表面，工作时间一长，附着灰尘堆积会堵住过滤孔径，造成焊烟净化器风量大幅衰减，影响焊接烟尘净化效率，所以才需要使用者对滤芯进行定期清理。
决定滤芯清理频次的主要因素是焊烟量，净化的焊接烟尘越多，灰尘清理的频率就越高，一般的使用环境下，运行8个小时之后清理就可以；但也要考虑焊接烟尘性质的问题，不同焊条、焊材、焊接工艺产生的焊烟粉尘具有微妙的差别，若粉尘黏性大就需提高清灰频率，保证除尘设备烟尘过滤的畅通。
对移动式焊接烟尘净化器而言，清灰方式有自动脉冲清灰和人工清灰两种，前者是利用安装的反吹清灰装置使用压缩空气以恒定气压均匀的喷吹滤筒，使其表层灰尘自动抖落；后者则是在使用后，由工人将滤筒自焊烟净化器拿出，运用在距滤芯20公分处清理灰尘。上述两种方法虽然都是滤筒清灰方式，但因为人工操作不好把握，对滤筒的保护程度皆逊于反吹清灰装置。
反吹清灰装置能够以恒定气压均匀稳定喷吹的滤筒的关键在于电磁脉冲阀，它控制着清灰的频率、力度和清灰时长。性能良好的电磁脉冲阀十分重要，气压小、清灰时间端短会造成清灰不全面，反之会破坏滤筒纤维造成使用寿命缩短，并且脉冲阀还要经久实用，在焊接烟尘净化器使用期限内不能有问题。
