微波杀菌是微波直接与物质相互作用并将高频电磁波转换成热能的过程。微波去菌是微波热效应和生物效应的结果。微波在细菌膜横截面上的电势分布会影响细胞膜周围电子和离子的浓度，从而改变细胞膜的渗透性。结果，细菌被营养不良，不能正常代谢，并且其生长和发育受到阻碍。从生物化学的角度来看，细菌正常生长和繁殖的核酸（RNA）和脱氧核糖核酸（DNA）是由几个氢键组成的卷曲大分子。微波引起氢键的松弛，断裂和重组，从而引起遗传或染色体畸变，甚至断裂。微波杀菌利用电磁场效应和生物效应杀死微生物。事实证明，微波设备在杀菌温度，杀菌时间，产品质量保持，产品保质期和节能方面具有明显的优势。
在相同的去菌温度下，微波去菌所需的时间较短，在相同的去菌条件下，细菌死亡的温度较低。同时，可以对被去菌物料进行整体去菌，缩短去菌周期，确保去菌过程的一致性和物料的均匀性。
微波杀菌设备体积小，占地面积小，操作维护方便，不需煤，气等燃料，无需复杂的管道系统，适用于大多数行业。
