去菌是指杀死一定数量的细菌以使菌落总数满足所需条件并杀死所有细菌的过程，这称为去菌。
如何确保微波杀菌的效果已成为食品工业的另一个重点。根据对微波的多年研究，为保证理想的微波杀菌效果，必须首先使用专业的微波杀菌设备，以确保杀菌效果符合要求。设备必须配备由计算机控制的设施，以防止人为因素和环境因素改变去菌效果。其次，应采取一套完整的自动无菌灌装措施，以防止二次污染。已经证明对于不同的产品和不同的生产条件必须采用不同的过程。确定适当的微波设备后，去菌过程就成为确保去菌效果的关??键。
中药微波干燥杀菌设备的特点：
1.干燥时间短，产品香味浓郁；
2.干燥温度低且均匀，产品色泽鲜艳；
3.选择性加热。由于水分子吸收微波的能力强，含水量高的部分比含水量低的部分具有更多的微波功率。这是选择性加热的特征，通过它可以实现均匀的加热和干燥。
4.用于干燥和脱水的水和气的方向是从内到外。因此，微波干燥具有膨胀的功能，这有利于后续的粉碎过程。